粮食补贴政策指在WTO规则框架下，一个国家或地区的政府基于国家战略储备、粮食安全等因素考虑，为提高农民收入、减少农业及涉农政策给农民带来的损失而对农民的直接补贴支付，对农民直接补贴不通过价格或产量等间接手段。
粮食补贴按照补贴水平可以分为固定补贴和差价补贴：固定补贴是指在基期的标准内计算农民的补贴水平，这已在若干年内被固定下来，与特定农产品的市场价格变动没有关系；差价补贴是指补贴水平按照特定农产品的市场价格与政府制定的保护价之间的差价来确定，补贴水平每年随着特定农产品的市场价格和政府制定的保护价的变动而变动。
按照发放的依据分类，又可分为挂钩补贴和不挂钩补贴。挂钩补贴是根据农户当年特定农产品的生产或交售数量，向其发放补贴。按照挂钩的依据，挂钩补贴又可分为与农户特定农产品生产数量挂钩的补贴和与农户特定农产品交售数量挂钩的补贴。不挂钩补贴是按照农户基期粮食生产交售数量或者计税土地面积计税常产向其发放的补贴，与农户当年粮食生产及交售的数量不挂钩。
目前我国粮食补贴政策有三种方式：按农业税计税面积和计税常产进行补贴、按实际种植面积进行补贴和按种粮农民向国有粮食购销企业出售粮食数量进行补贴。
按农业税计税面积和计税常产进行补贴。该补贴方式只与农户过去的农业税计税面积或者计税常产相关，而与农民生产产量增加无关。一方面，规避了自然灾害给农民带来的损失，可以直接增加农户收入，并且收入增加的程度取决于国家粮食直接补贴额度的大小；但另一方面，从帕累托最优效率看，农民作为理性人的选择，不会为粮食增产尽最大努力。基于我国有限的财政和经济发展水平，国家尚未能够对农户进行大幅度补贴，因此该补贴方案在我国实施效果有限。
按实际播种面积进行补贴。这种补贴方式与农户实际播种面积挂钩，农户粮食生产的实际播种面积扩大可以获得更多的补贴收入。在其他条件不变的情况下，作为理性人的农户对资源配置有所倾斜：在粮食生产过程中会将更多资源投资于扩大实际播种面积而减少其他方面投资，如对粮食施肥、除草等一系列的资源投入。由此可能预知的情况是，我国粮食播种面积出现显著扩大，但粮食单产却相应降低以至于粮食总产出没有显著的变化。不过这种补贴方式对于农户收入的影响比较直接，只要农户进行了粮食生产，都可以获得按照一定标准计算的粮食补贴额度，在某种程度上起到调和社会均衡的作用。
种粮农民向国有粮食购销企业出售粮食数量进行补贴。这种补贴方式是一种变相的价格补贴，它与农户实际交售的粮食数量相挂钩。这种补贴往往提高了粮食销售的市场价格，扭曲市场流通的生产要素。与此同时，理性的农户将其有限的资源由非农就业领域转移到粮食生产领域，并且努力追加粮食生产投资，包括扩大粮食生产面积、提高粮食单产方面的投资，使其粮食产出总量增加以获得国家粮食补贴收入，直至粮食生产达到极限。
不过从全局看，由于农业的弱质性，很多时候除了农民本身努力提高粮食产出以外，粮食产出在很大程度上还要受到自然条件等其他随机性因素的影响，农业生产效率未必能达到帕累托最优选择。
据联合国经合组织测算，在发达国家此种补贴下的农民收益比例也仅为25%左右，即政府每拿出1美元的价格支持，农民获得的支持仅为0.25美元左右，而政府财政还因此背上沉重包袱。另外，价格支持容易扭曲市场信号、扰乱市场自由竞争。而且WTO规则要求在粮食产业中采取更加自由化和市场化的政策，尽量少用或不用价格支持。但不能使用价格支持使种粮农民的利益受到损失，因此各国政府不得不修改农业补贴政策，削减“黄箱”政策农业补贴，增加“绿箱”政策支出。
事实证明，我国面临着同样的问题。自加入WTO之后，我国逐步取消农业税并增加农业补贴。在此基础上，还逐步建立了“四大补贴”为主的农业补贴制度，包括种粮直补、良种补贴、农机具购置补贴和农资综合直补。2002年开始在部分粮食主产区进行种粮直补的试点，2004年全面推广到全国，对小麦、玉米等主要农作物按亩数给予补贴。2004年之后，对主要粮食作物，小麦、玉米、水稻又实施了临时收储政策，制定最低的收储价格。
但目前却面临许多问题：一方面因补贴额度较大，国家财政负担严重，尤其在经济不景气的情况下，更是加剧国家财政的压力；另一方面，由于补贴力度过大，导致大量农户资源配置由非农就业领域向粮食生产领域转移的力度也相对较大，粮食产出的增量远远超出预期。尤其是东北三省大量种植玉米，农民基本年年都面临卖粮困难的问题，糟糕的是，国库收储已满，无法提供更多的收储库储存玉米。
更值得思考的是，一方面因收储粮食而增加运输费用、仓储费、粮食品质流失等费用，这些费用已造成国家资源浪费，也是社会生产效率低下的表现；另一方面，因粮食收储政策造成价格的扭曲，导致中下游产业无法通过自由市场经济去优化资源的配置，拖垮整个上中下游产业。临时收储政策已达不到保护粮食、保护产业的目的，粮食补贴政策改革势在必行。
我国农业具有生长周期长和季节性强的特点，而且在很大程度上依赖于自然条件的好坏，生产具有很大的不确定性。而且粮食当期的生产计划基本上是根据上期的价格走势确定，无法随着市场需求的变化及时做出调整，也难于建立起稳定、有效的价格预期。从事农业活动承担着比其他行业更大的市场风险。但收益率未必就是高回报，而且粮食产品的价值实现要取决于市场供求状况，在需求弹性小于供给弹性的情况下，价格波动较为剧烈，存在着很大的经营风险，往往出现“谷贱伤农”。正因为如此，各种粮食资源，包括粮食生产经营者本身，很可能出现因无利可图而不愿进行粮食生产的状况。
经过与37个成员特别是与美国和欧盟的反复磋商和讨价还价，我国最终与谈判国在农产品关税减让、关税配额、出口补贴、农业补贴等方面达成协议。我国承诺取消农产品的出口补贴，包括价格补贴、实物补贴，以及对出口产品加工、仓储、运输的补贴；同意把《农业协议》6.2款的投资补贴和投入品补贴计算到6.4款“微量允许”补贴中，据此谈判结果是，我国农产品价格补贴、投资补贴和投入品补贴最高限定可达到农产品总值的8.5％。
我国加入世贸组织已十余年，有关农业协议的承诺逐渐实现，放开国内农产品市场已逐渐形成，农业补贴中的“黄箱”政策也逐渐削减。粮食补贴未来突破的方向或是构建一个由直接补贴(固定补贴)和价格支持(不固定补贴)和生产补贴等构成的完整的政策体系，实现粮食补贴政策的真正平稳过渡。
